Aunque originalmente fue acusado de los delitos de lavado de dinero, operaciones con recursos de procedencia ilícita, defraudación fiscal y delincuencia organizada, a dos años sigue solo vigente el primero.
El jueves 10 de noviembre de 2016, luego de terminar una entrevista con Ciro Gómez Leyva, el primer gobernador de extracción panista acudió al Juzgado 12 para ponerse a disposición de las autoridades, donde también fue detenido su hijo Guillermo Padrés Dagnino por el presunto delito de lavado de dinero.
Desde ese momento, Guillermo Padrés Elías, junto con su abogado, Antonio Lozano Gracia, emprendieron la defensa logrando salir absuelto del delito por defraudación fiscal de 70 millones 415 mil 367 pesos.
La decisión del Juez se derivó ante la falta de elementos presentados por la Procuraduría General de la República.
En noviembre de 2017 el político sonorense también fue exonerado por el delito de delincuencia organizada.
Durante el proceso de defensa, Guillermo Padrés, al ver que su hijo estaba recluido en el Altiplano, una cárcel de alta seguridad, emprendió una huelga de hambre con la que logró que su vástago fuera trasladado al penal federal de Cuautla, Morelos. Nueve meses después la PGR desistió y fue liberado.
Actualmente, el también ex senador y ex diputado federal se encuentra preso por el presunto delito de lavado de dinero.
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